Армяне поселились в Эстонии уже с 19 века, но община начала формироваться только в 20 веке. Первыми армянами, которые отправились в Эстонию, были студенты Дерптского (ныне Тартуского) университета. На протяжении всего 19-го века и до 1918 года в университете получили образование многие армяне, в том числе известный армянский писатель, просветитель, основатель восточноармянской мировой литературы Хачатур Абовян. В университете функционировала Ассоциация армянских студентов “Армения”.

В Эстонии в настоящее время проживает около 1500 армян, в стране насчитывается около десятка армянских организаций, включая дневные школы, песенные и танцевальные коллективы. Армяне в основном живут в Таллинне и Тарту. Несколько семей живут в Нарве и Пярну. 2010году несколько организаций в Эстонии объединились и создали НПО «Армянский национальный союз». Армяне в Эстонии считаются национальным меньшинством. Среди эстонских армян множество представителей интеллегенции.

Религиозная община Армянской Апостольской Церкви Эстонии (приход Св. Григория) официально была зарегистрирована в ноябре 1993 года, в Таллине и в том же году вступила в Эстонский церковный совет. В 1994 году Совет Евангелической Церкви Эстонии передал (на 99 лет) армянской общине Эстонии здание Богадельни Св.Яна, которое после реконструкции, с 2000 года функционирует как Армянская Апостольская Церковь (Св. Григорий Просветитель). Церковь была перестроена в основном силами эстонских благотворителей армянского происхождения.