Էստոնիայում հայերը բնակություն են հաստատել 19-րդ դարից, սակայն համայնքը սկսել է ձևավորվել 20-րդ դարում: Էստոնիա մեկնած առաջին հայերը եղել են Դորպատի (այժմ` Տարտու) համալսարանի  ուսանողները: 19-րդ դարում և մինչև 1918 թվականը համալսարանում կրթություն են ստացել բազմաթիվ հայեր, այդ թվում` հայ ականավոր գրող, մանկավարժ, արևելահայ աշխարհաբար գրականության հիմնադիր Խաչատուր Աբովյանը: Համալսարանում գործել է Հայ ուսանողների «Արմենիա» ընկերակցությունը:

Էստոնիայում ներկայում բնակվում է շուրջ 1500 հայ, իսկ երկրում գործում է շուրջ մեկ տասնյակ հայկական կազմակերպություն, այդ թվում` մեկօրյա դպրոցներ, երգի և պարի խմբեր:

Հայերը հիմնականում բնակվում են Տալլինում և Տարտուում: Մի քանի ընտանիքներ են ապրում նաև Նարվայում և Պյառնուում:

Հայերն Էստոնիայում համարվում են ազգային փոքրամասնություն: Էստոնահայերի մեջ մեծ թիվ են կազմում մտավորականները:

2010 թ. Էստոնիայում մի քանի կազմակերպություններ միավորվել և ստեղծել են «Հայ ազգային միություն» հասարակական կազմակերպությունը: 

Հայաստանյայց առաքելական եկեղեցու Էստոնիայի կրոնական համայնքը (Ս. Գրիգորի ծուխ) պաշտոնապես գրանցվել է 1993 թ. նոյեմբերին Տալլինում և նույն թվականին անդամակցել Էստոնիայի եկեղեցիների խորհրդին:

1994 թ. Էստոնիայի ավետարանական եկեղեցու խորհուրդն Էստոնիայի հայ համայնքին է հանձնել (99 տարով) Տալլինի Ս. Իանի Անկելանոցի շենքը, որը 2000 թ. վերակառուցվելուց հետո գործում է որպես Հայ առաքելական եկեղեցի (Ս. Գրիգոր Լուսավորիչ), այն հիմնականում վերակառուցվել է էստոնահայ բարերարների կողմից: