Էստոնիայում հայերը բնակություն են հաստատել 19-րդ դարից, սակայն համայնքը սկսել է ձևավորվել 20-րդ դարում: Էստոնիա մեկնած առաջին հայերը եղել են Դորպատի (այժմ` Տարտու) համալսարանի ուսանողները: 19-րդ դարում և մինչև 1918 թվականը համալսարանում կրթություն են ստացել բազմաթիվ հայեր, այդ թվում` հայ ականավոր գրող, մանկավարժ, արևելահայ աշխարհաբար գրականության հիմնադիր Խաչատուր Աբովյանը: Համալսարանում գործել է Հայ ուսանողների «Արմենիա» ընկերակցությունը: