Ճապոնիայում հայերը գործունեություն են ծավալել 19-րդ դարի երկրորդ կեսից: Այնտեղ հիմնականում հաստատվել են Հնդկաստանի հայեր, որոնք զբաղվել են ծովագնացային առևտրով: 20-րդ դարում հայ առևտրականների թիվը Ճապոնիայում ավելացել է Մերձավոր Արևելքից, մասնավորապես՝ Իրանից, Սիրիայից և Լիբանանից գաղթած հայ ընտանիքների հաշվին:

Հայտնի հայերից է գրող, հրապարակախոս, լրագրող Դիանա Աբգարը (Անահիտ Աղաբեկյան-Աբգարյան, 1859-1937), որը 1920 թ. նշանակվել է Հայաստանի առաջին Հանրապետության հյուպատոս Ճապոնիայում (եղել է աշխարհում առաջին կին հյուպատոսը): 

Ներկայումս Ճապոնիայում բնակվում են 70-80 հայեր, հիմնականում՝ Տոկիոյում: Կան արտագաղթածներ Հայաստանից, Իրանից, Միջին Արևելքի երկրներից: 

Հայերը Ճապոնիայում ընդգրկված են գիտության, կրթության, բիզնեսի և ՏՏ ոլորտներում: Կան նաև հայ ուսանողներ Հայաստանից:

Ճապոնիայում հայտնի են հայ-ճապոնական երկու համայնքային կազմակերպություններ՝ «Ճապոնահայկական բարեկամության ասոցիացիան» (Japan-Armenia Friendship Association, JAFA) և «Ճապոնիա-Հայաստան ընկերակցությունը» (Japan-Armenia Society, JAS)։

«Ճապոնահայկական բարեկամության ասոցիացիան» հիմնվել է 1984 թվականին ճապոնացի հասարակական գործիչ, պատմաբան և գրող Հիդեհարու Նակաջիմայի ջանքերով և այսօր մեծ աշխատանք է կատարում Ճապոնիայում Հայաստանի պատմությունն ու մշակույթը տարածելու ուղղությամբ։

«Ճապոնիա-Հայաստան ընկերակցությունը» (JAS) հիմնվել է 1999 թ.: Հիմնականում աջակցել է հայ-ճապոնական քաղաքական և տնտեսական հարաբերությունների զարգացմանը: 2010 թ. Ճապոնիայում ՀՀ դեսպանության բացումից հետո կազմակերպությունը կորցրել է նախկին ակտիվությունը և 2018 թ. սեպտեմբերից դադարեցրել իր գործունեությունը։ 

2015 թվականի դեկտեմբերին Ճապոնիայում Հայաստանի դեսպանության նախաձեռնությամբ Տոկիոյի Միջազգային քրիստոնեական համալսարանի (International Christian University, ICU) տարածքում տեղադրվել է «Խաղաղության խաչքար», որը Ճապոնիայում հայկական առաջին հուշարձանն է:

«Ճապոնիայի՝ Կոմիտասի անվան երաժշտական ընկերությունը» (Komitas Musical Society of Japan) հիմնվել է 2015 թ.։

Տոկիոյում գործում է հայագիտական կենտրոն, լույս են տեսնում ճապոնալեզու «Արարատ» և «Արաքս» լրատվական թերթերը: