Լիտվայում հայերը բնակություն են հաստատել 13-րդ դարից, սակայն ժամանակակից հայ համայնքը սկսել է կազմավորվել 1950-ական թվականներին:
Երկրորդ համաշխարհային պատերազմին հաջորդած տարիներին Վիլնյուսում, Շյաուլյայում, Կլայպեդայում բնակություն են հաստատել բազմաթիվ հայ զինվորականներ: