6-րդ դարի վերջին և 7-րդ դարի սկզբին շատ հայեր Բյուզանդական կայսրերի հրամաններով վերաբնակեցվել են Բալկանյան թերակղզում, այդ թվում` Մոլդովայում: Հայերի հոսքը Մոլդովա շարունակվել է նաև հետագայում և զանգվածային բնույթ ստացել 11-րդ դարի 60-ական թվականներին:

1359 թ.-ին՝ Մոլդովական իշխանության կազմավորումից հետո, երկրում ամրացել են հայերի դիրքերը, և հիմնվել են հայկական կենտրոններ: 1401 թ. իշխանական հրամանագրով Մոլդովայի մայրաքաղաք Սուչավայում ստեղծվել է առանձին հայոց թեմ` իր եպիսկոպոսով: Չնայած այն հանգամանքին, որ պատմական Մոլդովայի տարածքում ավելի վաղ ժամանակներից են տեղի ունեցել հայերի վերաբնակեցումներ, այնուամենայնիվ հայ համայնքի ձևավորման պատմությունը հիմնականում սկիզբ է առնում 14-րդ դարից: Մոլդովայի գլխավոր առևտրական ճանապարհը կոչվել է «Հայկական ճանապարհ»:

Մոլդովայի հայկական գաղութներում կրթամշակութային կյանքն ակտիվ է եղել: Սուչավայում և Յասիում 285 տարի` 1401-1686 թթ., գործել է հոգևոր առաջնորդարանը:

Այժմ Մոլդովայի տարածքում կա երեք հայկական եկեղեցի` Սբ. Աստվածածինը և Սբ. Հարությունը՝ Քիշնևում, Սբ. Գրիգոր Լուսավորիչը` Բելցում: Մոլդովայի Հնչեշտ քաղաքում է բնակվել հայտնի հայ Մանուկ Միրզոյանը (առավել հայտնի է Մանուկ Բեյ անունով), ում կալվածքի շինությունները մինչ օրս կանգուն են, պատմամշակութային արժեք ունեն և պահպանվում են պետության կողմից: 2017 թ. վերանորոգումից հետո Հնչեշտ քաղաքում բացվել է Մանուկ Բեյի տուն-թանգարանը: 

Ըստ ոչ պաշտոնական տվյալների՝ ներկայումս Մոլդովայի տարածքում բնակվում է շուրջ 7000-10․000 հայ, հիմնականում` Քիշնև, Բելց, Հնչեշտ, Նոր Անենի, Կամրատ, Ունգենի, Բենդերի և Գրիգորիուպոլ քաղաքներում: Գործում են հայ մշակույթի «Անի» կենտրոնը՝ Քիշնևում և «Վերածնունդ» հայկական բարեգործական միությունը՝ Գրիգորիուպոլսում:

2000 թ. հիմնադրվել է Մոլդովայի Հանրապետության «Հայկական սփյուռք» կազմակերպությունը: 2009 թ. Քիշնևի Սբ.Աստվածածին եկեղեցուն կից բացվել են «Մեսրոպ Մաշտոց» հայկական կիրակնօրյա դպրոցը և «Արմենիա» մշակութային կենտրոնը:

Ներկայումս գործում են նաև «Հայ համայնք» և «Մոլդովայի հայ երիտասարդություն»  կազմակերպությունները, «Տաթևիկ» հայ կանանց ասոցիացիան: