Տաջիկստանի հայ համայնքը ձևավորվել է 19-րդ դարի 2-րդ կեսին, երբ Ղազախստանից, Նախիջևանից, Զանգեզուրից, Իրանից գաղթած հայերը հաստատվեցին Դուշանբեում և Աֆղանստանին սահմանամերձ քաղաքներում:

Առաջին ներգաղթողները հիմնականում արհեստավորներ, առևտրականներ և բժիշկներ էին: Արդեն 19-րդ դարի վերջին հայ գործարարներն ու արդյունաբերողներն էին տնօրինում բամբակի, նավթի, էլեկտրաէներգիայի արտադրության ու արդյունահանման զգալի հատվածը, նրանց էր պատկանում առևտրի մենաշնորհը։ 

Ըստ 1989 թ. մարդահամարի տվյալների՝ Տաջիկստանում բնակվում էր 5000-7000 հայ, սակայն ԽՍՀՄ փլուզումից առաջացած ճգնաժամի և երկրում սկիզբ առած քաղաքացիական պատերազմի պատճառով հայերն սկսեցին արտագաղթել այստեղից։ Դրան մեծապես նպաստեցին 1990 թ. երկրում ստեղծված քաղաքական անկայուն վիճակը և Դուշանբեում փողոցային անկարգությունների հետևանքով հրահրվող հակահայկական տրամադրությունները։

2000թ. երկրում մնացել էր 995 հայ, որոնք հիմնականում ապրում էին Չկալովսկում, Կուգան-Տյուբեում, Խոջենտում, Դուշանբեում:

Ըստ պաշտոնական տվյալների՝ ներկայում Տաջիկստանում ապրում է շուրջ 3000 հայ, սակայն համայնքից ստացված ոչ պաշտոնական տեղեկությունների համաձայն` նրանց թիվը մոտ 1000-1500 է։
Հաղորդակցման լեզուն ռուսերենն է. մայրենի լեզվին տիրապետում է հայերի միայն 57.6%-ը, տաջիկերենին՝ 14.8%-ը:

Ներկայումս երկրում գործում է 1989 թ. Դուշանբեում ստեղծված հայկական համայնքային-մշակութային միավորումը՝ Մեսրոպ Մաշտոցի անվան հայկական համայնքը։

Հայ համայնքը հիմնադրել և 20 տարի ղեկավարել է Թելման Գուրգենի Ոսկանյանը, ով 1958-1959 թթ. արժանացել է Տաջիկստանի բռնցքամարտի չեմպիոնի, իսկ հետագայում՝ Խորհրդային Տաջիկստանի վաստակավոր մարզչի կոչումներին։

2009թ. Տաջիկստանի «Մեսրոպ Մաշտոց» հայկական մշակութային կենտրոնի ջանքերով բացվել են հայկական մեկօրյա դպրոց և պարի խմբակ, որտեղ ուսուցանվում են ինչպես հայկական, այնպես էլ տաջիկական ժողովրդական պարեր։