Մալթայում հայերը հաստատվել են Կիլիկյան Հայաստանի անկումից հետո, երբ բազմաթիվ հայ ասպետներ, ազնվականներ ու ռազմիկներ տեղափոխվել են Մալթա կղզի: Նրանցից մի մասի ընտանեկան գերեզմանները մինչև այժմ պահպանվել են:

Հայերի երկրորդ հոսքը Մալթա տեղի է ունեցել Հայոց ցեղասպանության տարիներին, իսկ վերջինը՝ ԽՍՀՄ փլուզումից հետո ՀՀ-ից և ԽՍՀՄ այլ հանրապետություններից: Ներկայում ստույգ տվյալներ չկան, թե հայկական արմատներով քանի հայ է բնակվում այստեղ, քանի որ վաղ անցյալում Մալթայի հայերն ուծացվել են: Վերջին երկու տասնամյակներում եկած հայերի թիվը շուրջ 500 է:

2009 թ. հուլիսի 31-ին տեղի է ունեցել Մալթայի հայերի առաջին համաժողովը, որի ժամանակ ներկայացվել է ավելի վաղ՝ հուլիսի 10-ին գրանցված «Մալթայի հայ համայնք» միջազգային ՀԿ-ը:

Մալթայում հայկական հոգևոր կառույցներ, ինչպես նաև դպրոցներ և լրատվամիջոցներ չեն գործում: Հայերը հիմնականում զբաղվում են գործարարությամբ, շատ են բժիշկներն ու ՏՏ մասնագետները:

«Մալթայի հայ համայնք» կազմակերպության ղեկավարի նախաձեռնությամբ և միջոցներով՝ 2009 թ. Վալետտայի ամենագեղեցիկ վայրերից մեկում՝ «Hastings Gardens» այգում տեղադրվել է հայկական խաչքար՝ ի նշան Մալթայի հետ բարեկամության և երախտագիտության:

Մալթայում հայերն ազգային փոքրամասնության իրավական կարգավիճակ չունեն: