Ըստ որոշ աղբյուրների՝ հայերը Սլովակիա են մուտք գործել 17-րդ դարի կեսին Բեսարաբիայից և հիմնականում առևտրականներ են եղել։
Ներկայիս հայ համայնքը հիմնականում ձևավորվել է 1990-ական թթ. հետո՝ ԽՍՀՄ-ից և ՀՀ-ից տեղափոխված հայերի ներգրավումով:
Այսօր Սլովակիայում ապրում է շուրջ 1000 հայ: Ամենամեծ համայնքը մայրաքաղաք Բրատիսլավայում և արվարձաններում է, իսկ երկրորդը՝ Կոշիցեում։