Ըստ պատմաբանների` հայերը Եգիպտոսում հայտնվել են հնագույն ժամանակներից (մ.թ.ա. 4-րդ դար): Նրանց թիվն ավելացել է 7-րդ դարի կեսին, երբ Եգիպտոսը նվաճած արաբները չեն խոչընդոտել տեղի հայերի զորացմանը:

Եգիպտահայ գաղութը կազմավորվել և ծաղկում է ապրել Ֆաթիմյանների դարաշրջանում (969-1171), որը պայմանավորված է եղել եգիպտական քաղաքների զարգացմամբ և քրիստոնյաների նկատմամբ արաբական խալիֆների բարյացակամ քաղաքականությամբ: Հայերի թիվն աճել է նաև Մամլուքների օրոք:

11-12-րդ դդ. Եգիպտոսում գործել են երեսունից ավելի հայկական եկեղեցիներ ու վանքեր, ինչը վկայում է հայերի մեծաթիվ լինելու մասին (համեմատական տվյալներով հայերի թիվն այդ ժամանակ հասել է շուրջ 100 հազարի): 

Եգիպտահայ համայնքն աշխուժացել է 18-րդ դարի կեսից, երբ Եգիպտոսի քաղաքները վերածվել են միջազգային առևտրի կենտրոնների, որտեղ եվրոպացի վաճառականներն օգտվում էին մեծ թվով հայ, հույն և սիրիացի առևտրականների միջնորդական ծառայություններից:

19-րդ դարի առաջին կեսին եգիպտահայ գաղութը նոր վերելք է ապրել Եգիպտոսի փաշա Մուհամմեդ Ալիի (1769-1849) վարած վարչական ու տնտեսական քաղաքականության, ինչպես նաև հայերի նկատմամբ նրա ցուցաբերած կրոնական հանդուրժողականության շնորհիվ: Կ.Պոլսից և այլ քաղաքներից Եգիպտոս են հրավիրվել 200 հայ հմուտ արհեստավորներ, հայերին վստահվել են կարևոր պաշտոններ: Եգիպտոսի երեք նազիրներ եղել են հայեր՝ Պողոս Յուսուֆյանը, Արթին Չրաքյանը և Առաքել Նուբարյանը:

1825 թ. Եգիպտոսում հիմնվել է Հայոց թեմ, 1828-ին Կահիրեում բացվել է առաջին հայկական Եղիազարյան դպրոցը, նույն թվականին կառուցվել է հոգետուն, հիվանդանոց ու հյուրանոց:

Հայ համայնքը Եգիպտոսին տվել է բազմաթիվ բարձրաստիճան պաշտոնյաներ, հասարակական-քաղաքական գործիչներ։

Եգիպտոսում պետական պատասխանատու պաշտոններ է վարել եգիպտահայ հասարակական-քաղաքական գործիչ, ազգային բարերար, Փարիզի Խաղաղության վեհաժողովում հայ ազգային պատվիրակության ղեկավար, Եգիպտոսի առաջին վարչապետ, նաև Արտաքին գործերի նախարար Նուբար փաշա Նուբարյանը:

Ալեքսանդրիայում կանգնեցված է Նուբար փաշայի արձանը (1904 թ.), նրա անունով փողոցներ են կոչվել Կահիրեում և Ալեքսանդրիայում:

Եգիպտահայ համայնքում են հիմնադրվել սփյուռքի երկու նշանավոր համազգային կառույցները, որոնք ցայսօր շարունակում են իրենց ազգանպաստ գործունեությունը։ Դրանցից մեկը 19-րդ դարի 90-ական թթ. համիդյան բռնությունների հետևանքով Արևմտյան Հայաստանից Եգիպտոս գաղթող հայ փախստականներին օգնելու նպատակով 1906 թ. ապրիլի 15-ին Կահիրեում Պողոս Նուբարի նախաձեռնությամբ հիմնադրված Հայկական բարեգործական ընդհանուր միությունն (ՀԲԸՄ) է, մյուսը՝ 1928 թ. մայիսի 28-ին կրկին Կահիրեում հիմնադրված Համազգային հայ կրթական և մշակութային միությունը։

Պողոս փաշա Նուբարյանի նախաձեռնությամբ բացվել են նաև բազմաթիվ մշակութային կենտրոններ, հրատարակվել են պարբերականներ, օտար երկրներից հայրենադարձվող հայերին տրամադրելու համար ֆինանսավորվել է Երևանի մոտակայքում բնակավանի կառուցումը, որը ստացել է նրա անունը` Նուբարաշեն:

Եգիպտահայ համայնքը ողջ Սփյուռքի մասշտաբով նշանավոր գործիչներ է տվել նաև գրականության, արվեստի, մշակույթի և այլ ոլորտներում, ինչպիսիք են` գրողներ Երվանդ Օտյանը, Վահան Թեքեյանը և այլք։ Ծագումով եգիպտահայ էր նաև Հայաստանի նշանավոր օպերային երգչուհի, Հայաստանի սոխակ Գոհար Գասպարյանը։

1926-1927 թթ. Եգիպտոսում ապրել է շուրջ 25-28 հազար հայ, 1947-1950 թթ.` 40 հազար, մեծ մասը` Կահիրեում և Ալեքսանդրիայում, ինչպես նաև Զակազիկ, Ասյութ, Գիզա, Պորտ Սաիդ, Ասուան և այլ քաղաքներում:

Մերօրյա եգիպտահայերը մեծամասամբ Եգիպտոսում ծնված ու քաղաքացիություն ունեցող հայեր են: Կենտրոնացած են Ալեքսանդրիայում և Կահիրեում` հիմնականում Հելիոպոլիս թաղամասում: Նրանց թիվը կազմում է ոչ ավելի քան 5000 մարդ:

Հայերը Եգիպտոսում, ինչպես և Միջին Արևելքի այլ երկրներում (Թուրքիա, Իրան, Լիբանան), ունեն ոչ թե ազգային, այլ կրոնական համայնքի կարգավիճակ։ Գործում է համայնքային օրենսդիր մարմինը` Եգիպտահայ թեմական ժողովի համագումարը (Կահիրեի և Ալեքսանդրիայի թեմական ժողովներ):

Եգիպտահայ համայնքում գործում են Հայ առաքելական եկեղեցին` Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի հովվապետության ներքո, Հայ կաթողիկե եկեղեցին։ Կան փոքրաթիվ հայեր, որոնք Հայ ավետարանական եկեղեցու ներկայացուցիչներ են։

Հայաստանյայց Առաքելական Սուրբ եկեղեցու Եգիպտոսի թեմը կազմավորվել է 1825-ին և ենթակա է Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնին:

Համայնքի ինքնակառավարման առանցքը Ազգային առաջնորդարանն է։ Այն աջակցում է հայկական մարզական, մշակութային ակումբներին, սրահներին, դպրոցներին, Եգիպտոսի բուհերում ուսանող հայ երիտասարդներին: Առաջնորդարանն ունի հատուկ բարեսիրական հիմնադրամ, որի միջոցով օգնում է հիվանդանոցներում բուժում ստացող հայերին:

Համայնքում գործում են Կահիրեի, Ալեքսանդրիայի Ազգային վարչությունները, ՀՅԴ, ՌԱԿ, ՍԴՀԿ կուսակցությունները (չունեն պաշտոնական գրանցում և դրա փոխարեն հանդես են գալիս իրենց ենթակա մշակութային, մարզական միությունների և մամուլի օրգանների միջոցով), ՀԲԸՄ-ն, ՀՄԸՄ-ն, ՀՕՄ-ը, Հայ բարեսիրաց միությունը, ազգային վարժարանները, մշակութային, բարեգործական և մարզական միությունները, պարի խմբակներ և երգչախմբեր և այլն:

Կահիրեի համալսարանում 2007-ից գործում է Հայագիտական կենտրոն։

Ներկայումս Եգիպտոսում հայտնի են Գալուստյան-Նուբարյան Ազգային վարժարանը` Կահիրեում և Պողոսյան Ազգային վարժարանը` Ալեքսանդրիայում:

Լույս են տեսնում «Արև» և «Յուսաբեր» օրաթերթերը, «Արեգ» ամսաթերթը, «Ջահակիր» շաբաթաթերթը, ՀԲԸՄ-ի «Տեղեկատու» ամսագիրը,  գործում է Հայկական ռադիոժամ: